一般的柑橘保存方法是用小点的透明塑料袋子装（每袋只装一个柑橘，装多了，柑橘容易坏），然后放在干燥阴凉处保存。
现代比较先进的保存方法就是把这些装入袋子的柑橘悬挂起来，如新疆晾晒葡萄那般，原理是 尽快让柑橘散发的水果自带的自然催熟化学激素（如乙烯）随流动的空气散发掉。悬挂的左右两边距离最好保持在4cm以上，悬挂的上下距离最好保持在10cm以上，同时让储藏室的门窗多打开，让空气更流通，并且要保持储藏室湿度很低的良好状态，千万别让储藏室湿润或者潮湿，不然柑橘易腐烂。若是出现腐烂的情况，要及时将所有的烂柑橘清理掉。

13.1、选用耐贮藏的品种。椪柑、脐橙、柚、胡柚较耐贮藏，温州蜜柑次之。
13.2、把好桔果采摘关。在晴天时采摘桔果，采摘桔果时桔梗剪平，轻采轻放。避免桔果采摘时造成的机械损伤。
13.3、库房消毒。通风库或普通住房都可贮藏柑桔。贮藏前先将库房打扫干净，堵塞鼠洞。并在柑桔入库前一周用500倍多菌灵或甲基托布津喷洒消毒。在柑桔入库前2天应敞开门窗通风，防止因病菌伤害而影响柑桔贮藏效果。
13.4、防腐处理。需贮藏的柑桔要在采收当天进行防腐处理，最长不得超过2天。防腐保鲜药剂可选用25％施保克10毫升＋2－3克 2,4－D钠盐＋10－12.5公斤清水，处理柑桔750－1000公斤。方法是将采下的柑桔浸入配制的药液中，浸0.5－1分钟，然后取出晾干。
13.5、通风预贮。经防腐处理的柑桔放在通风的库房，打开门窗，利用空气对流，使果皮水分散失晾干，可有效减少变味果和腐烂果。预贮时间一般5－7天，如预贮时遇到雨天，可以延长到10－12天。通常以果皮晾干，果实失重3－5％为宜。预贮后的柑桔可以用聚乙烯薄膜袋单果包装贮藏，也可裸果贮藏，贮果用具可用木条箱、竹筐或藤蒌等。
13.6、贮藏方式。柑桔在入库贮藏时，可以根据贮藏条件和库房大小选择贮藏方式，主要有“品”字形堆码、架贮和就地堆藏等。但无论哪种方式，都应留有足够的通道和便于管理人员操作空间。
13.7、库房管理。柑桔贮藏期间要求库房门窗遮光，库内温度一般保持4－10℃，相对湿度以85－90％为宜，昼夜温差变化尽量少。贮藏初期，库房内易出现高温高湿，缩短柑桔寿命，这期间要加强通风，尽快降低库房温湿度。当外界气温低于4℃时，要及时关闭门窗，用草堵塞通风口，加强室内防寒保暖，午间气温较高时通风换气；贮藏后期，当外界气温上升至20℃时，要关闭门窗，实行早晚换气或温度低于16℃时通风换气。当库房内相对湿度降到80％时，采用箱藏柑桔的应覆盖塑料薄膜保湿。覆盖的薄膜离地面25－30厘米，切勿密闭；采用堆藏的柑桔可在上方铺盖干净稻草保湿。同时，都可以用地面洒水或盆中放水等方法来提高空气湿度。在贮藏期间，要定期检查，遇到浮面烂果，可随时剔出，但尽量不要翻动。
13.8、柑桔贮藏的特点
柑桔种类及品种繁多，一般都比较耐藏，但不同种类、不同品种间的差异也较大。一般来说，柠檬类最耐贮藏；其次是甜橙类，如四川的锦橙、实生甜橙，湖南的大红甜橙，福建的雪柑等，可贮藏半年左右；再次是柑类，如蕉柑、温州蜜柑；宽皮桔的耐藏性最差，尤其是四川的红桔。当然，在每个桔种群中，自然也有耐藏与不耐藏之分，如耐藏性差的宽皮桔中，温州蜜柑和瓯柑就耐贮藏。
柑桔类果树是在温暖多雨的亚热带、热带生长的，因此，其果实贮藏的温度不能太低，低温容易引起冷害。但是，呼吸作用是随温度的提高而增强的，为了抑制呼吸作用，延长贮藏寿命，又需要相应的低温贮藏。根据试验结果，不同柑桔品种的贮藏温度，相互间的差异是明显的。甜橙在贮藏期为100天内的以2℃左右为宜（引自张百超），一般为3—5℃，温州蜜柑4—6℃，红桔10—12℃，蕉柑7—9℃，柑10—12℃，柚类7—8℃，柠檬类12—14℃。贮藏温度还因防腐剂的采用而有变化，一些省的试验结果表时，柑桔在贮藏前进行防腐剂处理，并处于高湿和较高浓度的二氧化碳条件下，在10—15℃贮藏温度下，柑桔果实可贮藏半年左右。这样的贮藏温度在许多的通风库中是可以实现的，有利于扩大贮藏。
果品贮藏环境中，相对湿度与柑桔果实的贮藏质量有密切的关系。相对湿度过低，柑桔容易失水，果皮萎蔫，失重大，果实的商品外观质量显著下降，而且果实内部的囊瓣干瘪，食之如败絮。温度过高，微生物繁殖加快，桔类易遭霉菌的侵染罹病腐烂，也容易发生枯水病。不同的柑桔类型，对湿度要求不一。宽皮桔与甜橙、柚类在湿度要求上的差异与其生长的生态环境关。在地理上，柚子和甜橙生长地区处于偏南的湿热地带，而宽皮橘生长在温度相对低些的北亚热带边缘，湿度相对低些。因此，在贮藏上，一般采取温度低时，温湿度可稍高些，相反，在温度高的条件下，湿度应相对保持较低。日本贮藏温州蜜柑的研究表明，在5℃条件下，最适湿度是85%，1—2℃下末成熟的桔果发生冷害。10℃以下烂果率急剧增多。在3℃条件下，85%相对湿度时，温州蜜柑烂果率最低；相对湿度在80%以下时，发生黑斑病，果皮萎凋，烂果增多；在90%时，烂果率也增高。
柑桔对二氧化碳敏感，二氧化碳含量增多，会引起果蒂干枯，贮藏环境中乙烯、乙醇含量提高会促进果实后熟。所以，柑桔贮藏过程中需注意通风换气。
13.9、柑橘的贮的作用
刚采下的柑桔，由于带有田间热且呼吸作用还比较旺盛而使果温较高。如果采摘后立即入库，就会使库温很快升高，还会因湿度过大，影响贮藏效果。所以柑桔采收后，经过严格挑选分级、浸果、防腐处理，在包装前需进行短期贮藏，这一过程即为预贮。  
预贮对果实有“愈伤”、“发汗”、“预冷”和防止果实“枯水”的作用。“愈伤”就是使果实的伤口愈合，以免病菌侵入引起腐烂。“发汗”就是使果皮细胞水分蒸发一部分，降低细胞的膨压，使果实适当软化而有弱性，以便减少机械损伤。“预冷”就是将带有田间热、呼吸热的柑桔果体温度降低，使呼吸作用减弱。预贮后果皮稍微失水萎蔫，使以后贮藏过程中不易失水，避免发生“枯水”，控制褐斑病，这一点对宽皮桔类尤其重要。
13.10、柑桔的预贮方法
用于预贮的库房要求通风良好，能防止外部潮湿空气侵入，无日光照射，地面干燥，温度较认低而稳定。预贮前将库房彻底打扫并用药物消毒，鲜果要经洗果、浸果防腐处理。受伤果、落地果、烟果、过青果、劣果等均不入库预贮。在库房的地面上铺上2—3厘米厚的洁净的稻草，草上摊放4—6层果实。也可将果实放在果箱或果筐内，呈“品”字形堆码。库房内相对湿度保持80%左右，库房温度要低于库外温度要坚决防止发生高温高湿，所以库内必须安置干湿球温度计，按规定观察记载。果实入预贮库3—4天（宽皮桔类要7—10天）。在成熟期多雨的年份，或预贮室通风条件不良时，对所摘桔果的吹风发汗时间应适当延长。一般控制宽皮桔失重率达3%—5%，甜橙失重率为3%—4%。待伤口愈合，果温降低，用手轻压果实时，果皮已软化，但仍有弹性，则已达到贮的目的，即可出库。